유전자 조작이 제대로 이루어졌는지를 판별하기 위해 집어넣은 항생물질 내성 유전자가 장내세균으로 전이되고, 이렇게 항생물질 내성을 가지게 된 개체가 장내 세균의 일정 지분을 차지함으로서 항생제 내성 문제가 생길 수 있을지도 모른다는 우려가 제기된 적이 있었다. 이것에 대한 연구는 이미 많이 이루어졌고, 결론적으로 GMO가 가지고 있는 항생물질 유전자가 장내세균으로 전이될 확률은 극히 낮으며, 이것이 인체에 영향을 가능성도 미미하다는 것이 업계의 합의.