1. 아마조니아의 혼령
야바후아카를 찾기 위해 미아에게 하고 싶은 말을 남겨주고 페드로와 함께 보트를 타고 그들을 찾으러 가다가 무슨 소리가 들리더니 해골을 그린 붉은색 원주민들을 보자 "Oyuhaka(Excuse me)?"라고 말을 걸던 도중 사냥꾼이 쏜 화살에 복부를 정통으로 맞고 쓰러진다. 정신이 혼미해지는 중에 마스크를 쓴 어느 한 부족의 족장으로부터 구출을 받고 소량의 물자가 주어짐과 함께 깨어난다.깨어난 제이크는 텅 빈 부족 마을에서 자기를 구해준 아까 그 족장을 찾아 부족 언어로 구해주셔서 감사하다는 말과 마을이 텅 빈 이유와 다른 부족민들은 다 어디갔다는 질문을 건낸다. 와라하의 습격으로 처형당한 부족민들을 화장해주고, 납치된 여성들을 구출하고, 뿔뿔이 흩어진 아이들을 귀환시켜 신뢰를 회복하여 나아간다.
2. 스토리 모드
탐험 32일차 중, 미아로부터 도와달라는 무전이 오자 급하게 어느 한 부족 마을에 접근했는데 무언가에 쫓겨 쉴새없이 도망치던 중 어딘가에서 미끄러져 멈추지 못하다 절벽으로 추락해 어느 한 연못에 빠져 물 속에서 피를 흘린다.정신이 혼미한 상태로 미아의 목소리를 듣고 무전기를 집으려 하지만 다시 정신을 잃었다. 또 다시 정신을 차리자 경비행기 한 대가 낮게 비행하는 모습을 본 후 무전기를 집고 일어나 미아를 부르지만 대답이 없다.
외나무 다리를 건너고 북쪽으로 향하여 생존을 하던 도중 46'W 26'S에서 부족 마을을 발견하고 그곳에서 반의 반쯤 타버린 지도와 아야화스카 제조법을 발견한다. 지도에는 현위치에서 동쪽 방향으로 Λ-2(람다-2)라고 적힌 위치가 표시되어 있는 것을 보지만 직접 가보지 않는 한 더 찾을 수 있는 건 없었다.
그리고 야야화스카를 제조하여 마시면 환각 작용을 이용해 잃어버린 기억을 되찾을 수 있다는 깨달자 근처에 있는 의식용 사발에 사이코트리아와 바니스테리오포시스 조각을 넣고 끓여 아야화스카를 마신다. 그러자 왼쪽에서 웃음소리를 지속적으로 내는 아이 한 명이 보이더니 가까이 다가가자 아이는 제이크로부터 멀리 떨어질 때까지 도망친다. 계속 쫓아가 보니 알 수 없는 그림이 그려진 바위를 그대로 통과하는 아이의 모습을 보고 바위에 가까이 접근하자 알 수 없는 통로를 천천히 걸어다니는 본인의 행동을 보게 되고 어두운 통로로 들어간 후 아무것도 안 보여 "여보세요(Hello)?"라고 말하자 미아의 목소리의 들린다. 빛이 있는 쪽으로 접근하자 미아의 모습이 보이는데 그녀를 만지려고 할 때마다 자꾸만 가루가 되듯이 사라진다. 미아의 목소리를 계속 들으면서 기억을 되찾아가며 부족 족장의 한 가운데에 있는 선물을 집으려는 순간, 미아로부터 무전이 왔고 환각이 풀린다.
환각으로부터 벗어난 제이크는 미아에게 살아있는지, 안전한지 물어봤지만 그녀의 대답이 영 시원치 않았다. 잠시 후, 무전기 배터리가 바닥이 되어 배터리가 일정량(10%) 이상 충전될 때까지 연락을 할 수 없게 된다.
===# 배드 엔딩 #===
결국 제이크는 치료제를 찾지 못하고 처음 조난을 당했던 Lily 연못으로 떨어지고 다시 정신을 잃으며, 처음 조난 때부터 지금까지 있었던 기억을 또 잃는다.
===# 굿 엔딩 #===
마침내 제이크는 치료제와 함께 활주로에 도착한 구조대의 도움으로 정글을 탈출한다.