1. 오덕 문서 관련 논란
2008년 중반 무렵 백괴사전의 관리자들은 문서의 대부분이 오덕 관련 패러디를 하고 있었는데도 불구하고 오덕 관련 문서들을 모두 삭제하고 오덕 관련 문서들의 작성을 금지하였다.[1] 관리자 자신들도 백괴사전의 운영이 빡빡한 것을 부정하고 있지 않으며 부실한 문서 작성이 많아진다는 이유로 오히려 문턱을 더 높인다고 밝혔다. # 이는 백괴사전의 권위주의와도 연결되기도 했다.하지만 이후에도 동방 프로젝트 관련 내용은 많이 올라왔다. 동방 프로젝트 관련 내용에는 디시인사이드 슈팅 게임 갤러리의 흔적들이 남아있는데 이유는 백괴사전의 대부분 동방 문서는 슈갤러가 작성했기 때문. 슈갤러 두 세 명이 대부분의 동방 문서를 채워놓았다.
2010년 3월 16일부터 2달간 진행했던 오타쿠 관련 문서 대세탁을 끝으로 더 이상의 오덕 문서 숙청은 없을 것이라 못을 박고 이제 변태짓만 하지 않으면 마음대로 덕질해도 좋다면서 오덕 문서와 관련된 논쟁은 종결되었다.
2. 종합 세탁 관련 논란
지나치게 재미가 없는 문서 삭제를 위하여 한 사용자가 2013년 4월 초에 이러한 문서를 숙청하자는 백괴발전 계획을 내놓았으나[2] 시간이 지날수록 점점 주관적인 기준으로 틀, 파일, 문서 등이 세탁소[3]로 회부되는 일이 증가하자 거의 문화대혁명 수준이 아니냐는 지적이 들어오기까지 했고 급기야 단순히 쓰이지 않는 유저박스를 종합 세탁하는 것을 2013년 4월 25일에 회부하여 다른 사용자들의 비난을 받고 있다.또한 재미가 없는 문서들을 한 문서에서 동시에 수십 개씩 세탁하는 종합 세탁도 상당한 양이 밀려 있어서 너무 많은 세탁→너무 많기 때문에 복잡한 세탁→많고 복잡하기 때문에 바쁜 유저들은 참여가 힘들고 바쁘지 않은 유저들도 복잡하기 때문에 참여가 어려운 현상이 계속돼서 반복되고 있어서 여러 문제가 발생하고 있다.
결국 창립자에 의해 모든 세탁 토론을 강제 종료하고 세탁소를 동결처리했다.